Sesuai dengan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia (PMA) nomor 19 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama, susunan  organisasi  Kantor Kementerian Agama  Kabupaten Luwu Timur sebagaimana dimaksud dalam Pasal Pasal 672 terdiri atas:

1. Subbagian Tata Usaha;
2. Seksi Pendidikan Islam;
3. Seksi Penyelenggara Haji & Umrah
4. Seksi Bimbingan Masyarakat Islam;
5. Seksi Urusan Agama Kristen;
6. Penyelenggara Zakat dan Wakaf;
7. Penyelenggara Pendidikan Kristen;
8. Penyelenggara Hindu;
9. Kelompok Jabatan Fungsional;

Pasal 673

(1) Subbagian Tata Usaha sebagaimana dimaksud dalam Pasal 672 huruf a bertugas melakukan penyiapan bahan koordinasi penjabaran kebijakan teknis dan kegiatan, pelayanan urusan persuratan, administrasi perencanaan, kepegawaian, keuangan dan barang milik negara, keorganisasian dan ketatalaksanaan, penyusunan keputusan, kerumahtanggaan, kearsipan, hubungan masyarakat, serta publikasi, data dan informasi.
(2) Seksi Pendidikan Islam sebagaimana dimaksud dalam Pasal 672 huruf b bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan raudlatul athfal, madrasah ibtidaiyah, madrasah tsanawiyah, pendidikan agama Islam, pendidikan diniyah, dan pondok pesantren.
(3) Seksi Penyelenggaraan Haji dan Umrah sebagaimana dimaksud dalam Pasal 672 huruf c bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendaftaran dan pembatalan haji, bimbingan manasik, bina haji reguler, penyelenggara haji khusus dan umrah, transportasi dan dokumen haji reguler, serta administrasi keuangan haji. (4) Seksi Bimbingan Masyarakat Islam sebagaimana dimaksud dalam Pasal 672 huruf d bertugas - 375 - melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Islam dan bina syariah, bina kantor urusan agama dan keluarga sakinah, serta penerangan agama Islam.

(5) Seksi Urusan Agama Kristen sebagaimana dimaksud dalam Pasal 672 huruf e bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang kelembagaan, penyuluhan, dan budaya keagamaan Kristen.

Pasal 674

(1) Penyelenggara Zakat dan Wakaf sebagaimana dimaksud dalam Pasal 672 huruf f bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pemberdayaan zakat dan wakaf.

(2) Penyelenggara Pendidikan Kristen sebagaimana dimaksud dalam Pasal 672 huruf g bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang pendidikan agama dan pendidikan keagamaan Kristen. (3) Penyelenggara Hindu sebagaimana dimaksud dalam Pasal 672 huruf h bertugas melakukan pelayanan, bimbingan teknis, pengelolaan data dan informasi, serta penyusunan rencana dan pelaporan di bidang urusan agama Hindu, pendidikan agama, dan pendidikan keagamaan Hindu.